Los pueblos originarios se concentran básicamente en el medio rural, en 43 municipios como a continuación se describen: el pueblo mazahua, se ubica principalmente en los municipios de: Almoloya de Juárez, Atlacomulco, Donato Guerra, El Oro, Ixtapan del Oro, Ixtlahuaca, Jocotitlán, San Felipe del Progreso, San José del Rincón, Temascalcingo, Valle de Bravo, Villa de Allende y Villa Victoria; el pueblo otomí, se localiza en los municipios de: Acambay de Ruiz Castañeda, Aculco, Amanalco, Capulhuac, Chapa de Mota, Jilotepec, Jiquipilco, Lerma, Metepec, Ocoyoacac, Otzolotepec, Morelos, Soyaniquilpan, Temascalcingo, Temoaya, Tianguistenco, Timilpan, Toluca, Villa del Carbón, Xonacatlán y Zinacantepec; el pueblo nahua, se asienta principalmente en los municipios de: Amecameca, Capulhuac, Joquicingo, Malinalco, Sultepec, Tejupilco, Temascaltepec, Tenango del Valle, Texcoco, Tianguistenco y Xalatlaco; respecto a los pueblos tlahuica y matlatzinca, se localizan en los municipios de: Ocuilan y Temascaltepec, respectivamente.
De estos municipios, según el Consejo Nacional de Población (CONAPO), para el año 2020, 8 poseen grado de marginación alto (Donato Guerra, Ixtapan del Oro, Morelos, San Felipe del Progreso, Sultepec, Villa de Allende y Villa Victoria y san José del Rincón), 13 Bajo (Almoloya de Juárez, Atlacomulco, Jilotepec, Jiquipilco, Jocotitlán, Joquicingo, Malinalco, Ocuilan, El Oro, Soyaniquilpan de Juárez, Temascalcingo, Temoaya y Timilpan), 7 Medio (Acambay de Ruíz Castañeda, Aculco, Amanalco, Chapa de Mota, Tejupilco, Temascaltepec y Villa del Carbón) y 15 Muy Bajo (Amecameca, Capulhuac, Ixtapaluca, Xalatlaco, Lerma, Metepec, Ocoyoacac, Otzolotepec, Tenango del Valle, Texcoco, Tianguistenco, Toluca, Valle de Bravo, Xonacatlán y Zinacantepec); Los municipios con mayor cantidad de población indígena son: San José del Rincón, San Felipe del Progreso, Temoaya, Ixtlahuaca y Toluca).
La situación en la que viven gran parte de estos habitantes se caracteriza por la carencia de servicios básicos como: agua potable, servicio sanitario, caminos en condiciones precarias; así como, déficit en cuanto a vivienda, espacios educativos de nivel medio superior y superior, entre otros.
Los pobladores indígenas provenientes de otras entidades se asientan mayoritariamente en municipios como: Ecatepec, Naucalpan, Chimalhuacán, Nezahualcóyotl y Valle de Chalco Solidaridad; entre otros. La situación de las localidades que se ubican en el Valle de México es diferente en cuanto a la disponibilidad de servicios básicos, aunque persisten deficiencias relacionadas con la vivienda, sobre todo por la carencia de espacios para su construcción y problemas de hacinamiento. Un problema generalizado y no exclusivo de los pueblos indígenas es la falta de oportunidades laborales.